När en 21-årig student vådaskjuts i Husby riktas strålkastarljuset mot polisen och en infekterad debatt om övervåld tar fart. Avdelningen för särskilda utredningar får i uppdrag att granska händelsen, men det som först verkar vara ett tragiskt misstag utvecklas snart till ett betydligt större och mer svårgenomträngligt fall.
I takt med att Pauline och hennes kollegor granskar bevis och interna rutiner upptäcker de tecken på manipulerade system, misstänkta läckor och hemligheter som sträcker sig långt bortom den ursprungliga händelsen. Kod 0099 är en intensiv kriminalroman där högt tempo, oväntade vändningar och moraliska dilemman driver berättelsen framåt. Samtidigt sätts både rättssystemet och polisens interna lojaliteter på hårda prov.